Covid-19 : Qu’est-ce que le variant « Delta Plus » ?

En juin dernier, le gouvernement indien a indiqué qu’une nouvelle mutation avait été détectée chez le variant Delta du coronavirus SARS-CoV-2. Celle-ci se traduit par une modification au niveau de la protéine Spike, qui sert de « clé » au virus pour pénétrer dans les cellules qu’il infecte.

Baptisé « Delta Plus » en raison de cette mutation additionnelle, ce nouveau variant (aussi appelé AY.1 ou B.1.617.2.1) a été identifié en Inde chez 48 personnes infectées par le variant Delta (sur un total de plus de 45 000 échantillons analysés). Delta Plus a été classé comme « variant préoccupant » par le ministère de la Santé indien, à cause notamment d’une transmissibilité accrue.

En quoi ce variant diffère-t-il du variant Delta, et que sait-on de sa capacité à échapper à l’immunité vaccinale ?

Le variant Delta

Initialement détecté en Inde, le variant Delta du coronavirus SARS-CoV-2 est en train de devenir majoritaire partout sur la planète, selon l’Organisation mondiale de la Santé. Il a notamment joué un rôle majeur dans la violente seconde vague qui a frappé l’Inde au printemps dernier.

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Diverses études ont établi que le variant Delta est capable de se répliquer plus rapidement et de se disséminer plus facilement que les autres variants, et qu’il se lierait plus fortement aux récepteurs situés à la surface des cellules pulmonaires.

Par ailleurs, dans une étude préliminaire qui n’a pas encore fait l’objet d’un examen par les pairs, des chercheurs indiens ont découvert que ce variant aurait été à l’origine des trois quarts des flambées infectieuses de la ville de Dehli chez des personnes vaccinées (8 % de ces infections auraient été dues au variant Kappa - ou B.1.617.1, et 76 % au variant Delta - ou B.1.617.2, le reste étant lié à d’autres variants de la lignée B.1).

En quoi le variant Delta Plus diffère-t-il du variant Delta ?

La nouvelle mutation du variant Delta a été initialement détectée en Europe au mois de mars 2021.

En juin, des patients malades de la Covid-19 se sont également avérés porteurs de ce nouveau mutant, qui est devenu une source de préoccupation pour les autorités, certains scientifiques indiens craignant qu’il ne soit à l’origine de nouvelles infections.

La mutation de la protéine Spike portée par le variant Delta Plus n’est cependant pas nouvelle. Connue sous la dénomination « K417N », elle a déjà été décrite chez le variant Bêta, initialement détecté en Afrique du Sud. Le variant Bêta porteur de cette mutation s’est avéré capable d’échapper dans une certaine mesure aux anticorps induits par le vaccin d’AstraZeneca. On pourrait donc craindre que certains vaccins ne s’avèrent pas aussi efficaces contre le variant Delta Plus que contre les autres variants.

Les vaccins seront-ils efficaces contre le variant Delta Plus ?

Selon le ministère de la Santé indien, le variant Delta Plus pourrait posséder une capacité similaire à échapper à l’immunité et à résister aux effets des thérapies anti-Covid-19 basées à base d’anticorps monoclonaux.

Cette mutation est préoccupante car elle est située sur la protéine Spike, une composante clé du virus, qui lui sert à pénétrer dans les cellules humaines. Les mutations précédentes touchaient le domaine de liaison au récepteur de la protéine Spike, qui permet au virus de s’attacher aux récepteurs situés à la surface desdites cellules.

Les mutations présentes sur le variant Delta pouvaient déjà, dans une certaine mesure, l’aider à échapper au système immunitaire. Certains vaccins se sont ainsi avérés avoir une efficacité un peu moindre face à lui, une dose unique offrant une protection réduite. Cependant, une seconde dose de vaccins continuait à entraîner la production de quantités d’anticorps suffisantes pour protéger des infections symptomatiques et prévenir les formes sévères de la maladie. Il est important de se souvenir que la plupart des vaccins anti-Covid-19 ne procurent pas une immunité absolue, mais limitent la sévérité de la maladie.

Des chercheurs britanniques ont ainsi montré qu’une dose de vaccin à ARN de Pfizer avait une efficacité de 33 % contre le variant Delta, et de 88 % après une seconde injection. Dans le cas du vaccin d’AstraZeneca, l’efficacité est de 33 % après la première dose, et de 60 % après la seconde.

Le variant Delta Plus pourrait être concerné par des réductions similaires d’efficacité, cependant les données disponibles manquent encore pour pouvoir l’affirmer. Des études sont en cours en Inde pour tester l’efficacité des vaccins actuellement utilisés contre ce nouveau variant.

Il est important de souligner que le variant Delta Plus ne s’est pas encore diffusé largement, et que l’Organisation mondiale de la Santé ne l’a pas encore classé parmi les variants préoccupants.

Que reste-t-il à apprendre ?

L’émergence de variants à la transmissibilité accrue et capables d’échapper aux anticorps menace le succès des efforts visant à contrôler et atténuer la pandémie. Les pays dont les taux de vaccination sont les plus bas sont en outre à risque de nouvelles flambées.

L’existence de ces nouvelles mutations ne signifie pas que de nouvelles mesures doivent être prises face à l’épidémie. Il faut en revanche faire en sorte que le nombre de personnes vaccinées continue à croître, continuer à se conformer aux recommandations en matière de comportement en période d’épidémie, et améliorer la surveillance génomique, afin d’être en mesure de suivre au plus près l’évolution du coronavirus SARS-CoV-2.

Sunit K. Singh, Professor of Molecular Immunology and Virology, Institute of Medical Sciences, Banaras Hindu University

Cet article est republié à partir de The Conversation sous licence Creative Commons.

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